まずナレイン軍はスパイを三人捕らえたが全て死んでいた。
なぜフェストゥムの真ん中であるここが人類軍にわかったのか。どうやら人工衛星から情報を得ているらしい。襲い来る人間の悪意にエメリーは気丈に振る舞っていたが美羽が眠った隙に緊張がほどけて裕美子の胸で泣いてしまう。（ここでOP）マヤは刺客襲来に備えて緊張が抜けず、一樹や総司のそばを離れられなかったが、一樹に優しい声を掛けられ自分を取り戻す。アキラも緊張が続きファフナーから降りられなかった。そして近づいてきたマヤに突然告白してしまうが、ムリヤリ休まされる。
一方、竜宮島では相変わらず苦戦が続いていた。一旦はフェストゥムの攻撃を退けるが、機体の改良を急がなくてはならない。再びL計画が論議される。ただし今度のL計画は島からの一旦撤退だ。（Bパート）サクラの母の様態が悪く、サクラとケンジは結婚を急ぐ。母親に許可をもらい、ある夜神社で挙式する。巫女は織姫と芹だ。そしてついに第三次蒼穹作戦が始まる。敵コアを一旦捕まえるも逆にアマテラスが敵に捕まり、敵コアも海に逃げ込む。アマテラスに乗っている鏑木も同化されるかと思われた瞬間、ウルドの泉にコアが出現し、同化した甲洋が乗るマークフィアーが海上に登場した。
守り神の登場にラストシーンは燃えてしまう。島の状況は確実に好転しているようだ。
