今日の主役は操かと思ったら新国連のヘスター事務総長と拉致された遠見マヤだった。
操や剣司が援軍に駆けつけナレイン軍と難民を保護することができたが、海の中の戦いで遠見が捕虜となってしまう。またミツヒロJr、ビリーも連れ去られる。一樹は廃墟から救出されるが腕が結晶化していた。
島では兵士や難民たちがつかの間の休息。総司は剣司と咲良が結婚したことを知り喜ぶ。ナレインは次に向かう新天地に新国連に忘れられた島・第三アルヴィスを選ぶ。
一方、新国連ではヘスターがマヤに新しいファフナーのテストパイロットになるよう依頼する。そのかわり新国連の秘密を教える。それは遠見の父ミツヒロSrによる研究成果だった。第三アルヴィスのコアとそれから派生した人工衛星型アザゼル、およびパペットと言われるミツヒロJrだ。ミツヒロJrの人格は人工的に形成されたもので端末から抹消してしまった。しかしコアが自律的に動き出し憎しみの記憶だけを持つフェストゥムが生まれてしまう。
次回予告はすべて赤字、ミツヒロJrによる大虐殺が始まりそう。