Aパートはクロムクロを宇宙の藻屑になるところから救ったゼルがついに国連軍の前に顔を現す。そしてムエッタにクローンである真実を告げる。
そしてBパートで決戦が開始される。敵の母艦が大軍を連れて黒部の研究所に着陸して攻撃を開始する。クロムクロとガウス3機が仰撃するが、ガウスはトム隊長の乗る機以外シェンミイの乗る機もセバスチャンの乗る機も倒されて、ムエッタを助けたソフィーの乗るバスを守ろうとしてセバスチャンは死ぬ。
さらに攻撃の手は緩まず研究所内部に侵入して職員にナノマシンを注入し洗脳してしまう。狙いは研究所地下に眠る枢石と要石らしい。
決戦の第一ラウンドは完敗。クロムクロは何をしていたのか?敵は研究所の周囲に結界を張り、回りから手を出せなくしている。そして地下に潜入して枢石を操作してワープゾーンを作り、地球まで何千隻もの大艦隊を呼ぶつもりだ。国連軍は一体どうする?